روزنامه وطن امروز که انتشار خود را در آستانه انتخابات ریاست‌جمهوری ۸۸ با مدیر مسئولی مهرداد بذرپاش شروع و پس از ۱۰ سال، انتشار خود را در ۱۱ مرداد امسال متوقف کرده بود، پس از سه ماه، دو باره منتشر خواهد شد.
سیدعابدین نورالدینی، سردبیر وطن امروز به خبرگزاری فارس گفته است این روزنامه از فردا (شنبه ۱۱ آبان) انتشار خود را از سر خواهد گرفت.
در دی ۱۳۹۳، هیئت نظارت بر مطبوعات به علت «توهین به رئیس‌جمهوری از طریق درج کاریکاتور» و «تیتر اولی که در تخریب رابطه با همسایگان و در مغایرت با مصوبات شورای عالی امنیت ملی» پروندهٔ این روزنامه را به دادگاه ارجاع داد. همچنین در اسفند ۱۳۹۵ هیئت نظارت بر مطبوعات اعلام کرد: روزنامه «وطن امروز» به دلیل بی‌توجهی به اصل وحدت اسلامی، عطف به بند ۴ ماده ۶ قانون مطبوعات تذکر دریافت کرده‌است و پرونده این روزنامه بابت انشار مطلبی با عنوان «پسابرجام و نعل‌های وارونه» مصداق اهانت به روحانیت قلمداد و عطف به بند ۸ ماده ۶ قانون مطبوعات، به دادگاه ارجاع شده‌است.
با این حال پس از برگزاری دادگاه و ارائه دفاعیات این روزنامه، وطن امروز از بعضی اتهامات تبرئه شد. علی‌اکبر کساییان، سخنگوی هیئت منصفه دادگاه مطبوعات دربارهٔ نتیجه رای دادگاه به خبرگزاری میزان گفت: روزنامه «وطن‌امروز» بابت اتهام تخلف از مصوبات شورایعالی امنیت ملی با اکثریت آرا مجرم شناخته نشد. سخنگوی هیئت منصفه دادگاه مطبوعات تصریح کرد: این روزنامه به اتهام نشر مطالب خلاف واقع موضوع شکایت سازمان بهزیستی به اتفاق آرا مجرم شناخته نشد، همچنین به اتهام افترا به اتفاق آرا مجرم شناخته نشد.
مهرداد بذرپاش، مدیر مسئول روزنامه وطن امروز در مصاحبه‌ای با خبرگزاری تسنیم در فرودین ۱۳۹۳، از دولت و شورای عالی امنیت ملی به خاطر برخوردهای مکرر با این روزنامه انتقاد کرد. او گفت منتقدین توافق هسته‌ای می‌خواهند دولت محتوای مذاکرات را به اطلاع مردم برساند. در این صورت نظر مردم خیلی تغییر خواهد کرد. او ادعا کرد مسئولین دولت چون از لحاظ کار اجرایی ضعیف هستند از منتقدین می‌‌ترسند و این که این روش آن‌ها با ژست آزادی بیان سازگاری ندارد. او دبیرخانه شورای امنیت را متهم کرد که برای اولین بار در تاریخ جمهوری اسلامی با رویکرد سیاسی با منتقدین برخورد می‌کند در حالی که این نهاد باید رویکرد فرابخشی داشته باشد تا به اعتبارش آسیب وارد نشود، و این که همین نهاد در برابر اظهارات بعضی از مقامات دولتی که خلاف امنیت ملی بوده حتی تذکر هم نداده است
